A Igreja possui os seguintes conjuntos de vitrais: três no Coro, dois no para vento da entrada principal, dois nas capelas fundas, um no altar-mor e dois nos para ventos da sacristia.
Em 1897, o artista João Zeferino da Costa concebeu os desenhos dos vitrais, com o auxílio de quatro ajudantes, entre eles Henrique Bernardelli. A confecção foi realizada pelo Real Estabelecimento de Vidraças Artísticas, de F.X. Zettler, em Munique, capital da Baviera, na Alemanha. Os vitrais chegaram ao Brasil em 1899, um ano após a inauguração solene da Igreja.
